یاد خواهید گرفت که GROMACS را روی لینوکس نصب و پیکربندی کنید.

خواهید آموخت که توپولوژی را با pdb2gmx و اصلاح مبتنی بر محاسبات کوانتومی بسازید.

یاد می‌گیرید که مراحل EM، NVT، NPT و تولید MD را اجرا کنید.

می‌آموزید که تحلیل‌های ساختاری و دینامیکی (Rg، MSD، RDF، hbonds) انجام دهید.

یاد خواهید گرفت که با Steered MD و Umbrella Sampling پروفایل PMF بسازید.